故事发生在东京八丈岛近海，这里建成了一座连接了全球各地警方监控摄像的海洋设施“太平洋浮标”。在这座设施正式启动之前，为了与欧洲刑警组织管辖的范围联网，世界各国的IT工程师来到现场。而与此同时，一项应用了人脸识别系统的“新技术”的测试也在进行中…… 另一方面，柯南和少年侦探团在园子的招待下来到八丈岛赏鲸。此时，柯南接到来自冲矢昂（赤井秀一）的电话，被告知欧洲刑警组织的成员在德国遭到琴酒的杀害。为调查真相，柯南偷偷混进了前往“太平洋浮标”进行警备工作的黑田兵卫等警视厅人员乘坐的警备艇中，进入设施内部。之后，在为系统启动而稳步展开准备工作的设施内，发生了案件——一名女性工程遭到黑衣组织的绑架，而她手中装有某些情报的U盘也落到了黑衣组织的手里。 海中传来令人毛骨悚然的螺旋桨声。而此时身在八丈岛的灰原哀身边，也正有黑影在悄悄靠近……
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科洛·莫瑞兹 迈克尔·佩纳 郑肯 科林·乔斯特 乔丹·博尔格 罗伯·德兰尼 克里斯蒂娜·钟 布赖恩·斯特帕尼克 帕拉维·沙尔达 卡米拉·阿维森 克丽·麦克莱恩 卡米拉·拉瑟福德 泰·赫尔利 丹尼尔·阿德博伊加 乔蕾·科斯 丹尼尔·厄根 伯纳多·桑托斯 乔·伯恩 乔基姆·斯卡利